Verso la metà del VI secolo a.C., dopo una coesistenza iniziale relativamente pacifica, tra le città magnogreche, iniziarono le discordie, che riproducevano a distanza lo scontro tra Atene e Sparta. Nel 560 a.C. Kroton e Locri iniziarono una guerra decennale, che si concluse con la battaglia della Sagra, vinta dai Locresi, sostenuti da Sparta.
Pitagora, nato a Samo nel 572 a.C. si trasferì a Kroton presso l’amico Democede. Creando una scuola di sapere di scienza, matematica, musica, poiché Pitagora aveva portato con se il sapere e numerosi manoscritti orientali, provenienti dal Tibet, scritti ebraici del Re Salomone [Clavicole].
Dopo l’arrivo di Pitagora, Kroton mosse contro Sibari, fino ad allora sua alleata. Infatti era abitudine dei crotoniati di recarsi alle terme a Sibaris, o per assistere a spettacoli, oppure per frequentare prostitute. Nel 512 a.C., tre nobili crotoniati, vennero sgozzati e i loro corpi furono dati in pasto ai lupi che affollavano le paludi intorno Sibaris, perché uno di loro si era innamorato di una bellissima vestale dagli occhi azzurri, che aveva tentato di rapire. Questo fatto, aggiunto alla rivalità centenaria fra le due città dovuta a motivi commerciali, politici e di diversa appartenenza religiosa, convinsero i crotoniati a scendere in guerra contro Sibaris. Nel 510 a.C. si svolse una battaglia nei pressi del fiume Nika (Cariati), da dove i crotoniati inseguirono e annientarono le forze sibarite in una battaglia finale al guado del fiume Trionto (nei pressi di Mirto Crosia). Secondo la leggendaria tradizione, si erano fronteggiati ben 100.000 crotoniati, guidati dall’atleta olimpico Milone, contro i sibariti che li superavano per tre volte. La vittoria arrise a Kroton nonostante l’inferiorità numerica poiché i sibariti usarono, per la battaglia, cavalli ammaestrati a eseguire passi di danza negli spettacoli al suono dei flauti. I crotoniati, nella battaglia di Nika, iniziarono a suonare i flauti, eseguendo la stessa melodia con la quale i cavalli erano stati ammaestrati per danzare, col risultato che le avanguardie delle truppe sibarite furono disarcionate immediatamente. E dopo settanta giorni di saccheggi venne deviato, sembra su idea di Pitagora, il corso del fiume Crati i cui flutti fecero sparire Sibari per sempre.
Pitagora con i suoi discepoli conquistò il potere politico della città: in pochi anni si consolidarono governi pitagorici in molte poleis della Magna Grecia costituendo una sorta di confederazione fra città-stato con capitale Kroton, come risulta da numerose monete coniate fra il 480 e il 450 a.C.
Giunta al massimo della sua egemonia politica e culturale, Kroton fu travolta da una serie di conflitti sociali che sfociarono nella sanguinosa rivolta guidata da Cilone durante la quale molti pitagorici furono trucidati e lo stesso Pitagora dovette fuggire da Kroton e riparò a Metaponto. Parallelamente caddero anche gli altri governi consimili e vi furono stragi e persecuzioni di pitagorici in tutte le poleis italiote.
Caduto il governo pitagorico, Kroton visse un periodo di decadenza. Costituì, con Metaponto e Caulonia, la Lega Italiota per difendersi dagli attacchi delle popolazioni lucane. Nel 383 a.C. la federazione fu sconfitta da Dionigi I di Siracusa in una sanguinosa battaglia.
I Romani conquistarono Kroton nel 277 a.C., guidati dal console Cornelio Rufino. Durante la seconda guerra punica Annibale vi tenne i suoi accampamenti invernali per tre anni e di qui si imbarcò per l’Africa nel 203 a.C. Nel 194 a.C. vi fu dedotta una colonia romana.